Schron musiał działać również wtedy, gdy na zewnątrz panował ostrzał lub zagrożenie skażeniem. Dlatego system wentylacji nie był dodatkiem, lecz jednym z najważniejszych elementów konstrukcji.
Filtry, ręczne i mechaniczne wentylatory, zawory oraz szczelne drzwi pomagały kontrolować przepływ powietrza i utrzymywać nadciśnienie w wybranych pomieszczeniach. Układ zależał od typu i epoki obiektu.
W muzealnych bunkrach warto zwracać uwagę na zachowane kanały i mocowania urządzeń. Nawet jeśli wyposażenie zniknęło, sama infrastruktura często pozwala odtworzyć sposób działania systemu.